XVII a.pradžioje, kai buvo pastatyta Skarulių bažnyčia, Lietuvoje nuo gotiškosios architektūros jau buvo pereita į renesansinę ir barokinę.Žymus to meto didikas Andrius Skarulskis, daug keliavęs po pasaulį, aplankęs Jeruzalę, sumanė pastatyti savo dvaro renesansinę bažnyčią. Bažnyčia nukentėjo ir apdegė 1670 m. bei 1812 m. karo metu.
Padavimai sako, kad pirmoji bažnyčia Skaruliuose pastatyta Vytauto laikais, bet tai neįrodyta. 1522 m. keli bajorai pastatė medinę bažnyčią ir jai užrašė Lipnikų dvarą. XVI a. pab. Lipnikai perėjo Skarulskiams. Vienas iš Skarulskių, Andriejus, lydėjo Radvilą Našlaitėlį į Palestiną. Ano meto Skarulių bažnyčia buvo medinė ir nedidelė, tad negalėjo tenkinti žymaus magnato Andriejaus Skarulskio ambicijų. Savo dvare jis nutaręs pastatyti naują ir gražią mūrinę bažnyčią. 1620 – 1622 m. tokia buvo pastatyta ir pavadinta šv. Onos vardu. Daug keliavęs Andriejus Skarulskis naują bažnyčią pastatė pagal vienos Jeruzalėje matytos bažnyčios pavyzdį. O Jonavos bažnyčia iki 1922 m. buvo Skarulių filija.
Bažnyčia renesansinė, turi ir gotikos bruožų, raudonų plytų, stačiakampio plano, bebokštė, su trisiene apside. Vidus 3 navų. Jas dengia kryžminiai skliautai, skiria pilioriai. Šventoriaus tvora 2 m aukščio, tinkuoto mūro.
Kilnojamasis kultūros paveldas: barokinio stiliaus šventųjų skulptūros, M. Mergelės paveikslas, renesansiniai altoriai, krikštykla; Neogotikinė varpinė, su 2 vertingais Johano Delamarso lietais varpais.
