Punios Šv. Apaštalo Jokūbo bažnyčia pastatyta 1863 m., vietoj prieš šešerius metus sudegusios senosios. Jos architektūra – baroko ir klasicizmo junginys. Manoma, kad tada buvo pastatyta nauja medinė bažnyčia, nes jos akte pažymėta, kad pirmosios bažnyčios nėra. 1513 m. įkurta parapinė mokykla (veikė su pertraukomis). XVI a. viduryje Punios klebonijai priklausė 23 dūmai. 1677 m. minima, kad bažnyčia yra sena. Ji 1688 m. perstatyta.
1702 m. švedai nužudė Punios kleboną ir sudegino miestelį. Bažnyčia, atrodo, nesudegė, nes 1747 m. minima pakrypusi, kiauru stogu; bažnyčios didysis altorius senas ir griūvantis. Punios klebonas Juozapas Klikovičius dalyvavo 1831 m. sukilime, slapstėsi (1837 m. areštuotas Kalvarijoje).
1857 m. per miestelio gaisrą bažnyčia sudegė. Klebono Zagorskio ir parapijiečių rūpesčiu 1857–1863 m. pastatyta dabartinė mūrinė bažnyčia (architektas Konstantinas Suchodolskis) – jau trečioji Punios bažnyčia, šįkart durimis atsukta į miestelį, nebe į dvarą. Sulenkėjusioje parapijoje lietuvybę skleidė kunigas Paukštis (nuo 1900 m. kas antrą sekmadienį pamokslai pradėti sakyti lietuvių kalba). 1944 m. apgriauta bažnyčia klebonų Algio Turčinsko ir J. Kavaliausko rūpesčiu 1952–1955 m. suremontuota.
