Paberžės piliakalnis įrengtas Paberžės upelio kranto kyšulyje, kurį šiaurės vakaruose, pietvakariuose ir pietryčiuose juosia upelio slėnis, o šiaurės rytuose – gretima aukštuma.
Piliakalnio šlaitai nuo slėnio statūs (iki 7 m aukščio). Viršuje yra 12 m ilgio ir 8-9 m pločio aikštelė. Jos šiaurės rytiniame gale įrengtas 1,8 m aukščio pylimėlis, kurio išorinis šlaitas nusileidžia į 19 m ilgio griovą. Kito pylimo pėdsakų išlikę aikštelės pietvakariniame gale. Piliakalnio šlaituose, 2 m žemiau aikštės anksčiau buvo terasa, kuri geriausiai išlikusi piliakalnio šiaurės vakariniame šlaite. Piliakalnio gyvenvietė yra į šiaurės vakarus nuo piliakalnio esančioje kalvelėje nuolaidžiais šlaitais ir piliakalnio pietinėje papėdėje.
Piliakalnį sudaro trys kalnai. Yra 230 m. į ŠV nuo Šilų gyvenvietės, 50 m. į ŠR nuo Paberžės upelio. ŠR piliakalnis apaugęs medžiais. Šlaitai iki 7 m. aukščio. ŠR galas siekia aukštumą. Viršuje įdubusi, 12 m. ilgio PV-ŠR kryptimi ir 8-9 m. pločio aikštelė. ŠR gale yra 1 m. aukščio pylimėlis. Jo išorinis šlaitas leidžiasi į pašlaitėje esantį 19 m. ilgio griovį, už kurio 14 m. ilgio, pamažu į ŠR kylanti aikštelė. Jos ŠR gale yra įtvirtintas papilys.
Paberžės piliakalnį 1971 m. žvalgė Mokslų Akademijos Istorijos Institutas.
Rajono kultūros ir gamtos paminklus 1973 m. kartografavo Respublikinio žemėtvarkos projektavimo instituto geodezijos skyrius.
