Pirmoji bažnyčia Jonavoje buvo pastatyta 1750 m. Pradžioje ji buvo medinė, tačiau buvo perstatyta 1791-1793 m., pagal L. Stuokos – Gucevičiaus projektą. Tuo metu Jonavoje buvo trinitorių vienuolynas, tačiau 1827 m. vienuoliai buvo iškelti, o vienuolyne apsigyveno kareiviai.
Bažnyčia klasicistinė, stačiakampio plano, dvibokštė. Vidus 3 navų, atskirtų pilioriais. Didysis altorius užima visą presbiterijos plotį. Rūsyje palaidoti vyskupo Juozapo Kazimiero Kosakovskio (1737–1794), Lietuvos didžiojo etmono Simono Martyno Kosakovskio (1741–1794), generolo Juozapo Antano Kosakovskio (1772–1842) ir kt. palaikai. Šventoriaus tvora tinkuoto mūro.
